La chiesa originariamente intitolata a San Giovanni Evangelista, è nota come chiesa di San Giovannino. La chiesa esisteva già nel Quattrocento e apparteneva alla Confraternita del Santissimo Crocifisso, tuttora esistente.
Il nome originario della chiesa era San Giovanni decollato; per non essere confusa con le altre chiese dedicate al santo presenti nella città di Alessandria, a partire dal 1524 il titolo venne cambiato in alcuni atti notarili relativi ai lasciti dei fedeli alla Confraternita in “sancte Joannes parvus o parvulus, comunemente San Giovannino, poiché era la più piccola delle chiese alessandrine dedicate a questo santo, che peraltro è anche sovente raffigurato con le fattezze di un bambino.
Andata parzialmente distrutta a seguito di un incendio il 14 ottobre 1706, la chiesa è stata ricostruita su disegno dell’architetto Giuseppe Domenico Trolli, lo stesso della chiesa di San Lorenzo, sul sedime dell’oratorio, ampliata e riaperta al culto nel 1769.
L’edificio è stato restaurato nel 1991. La facciata è divisa in tre parti da lesene doppie, sormontate da un timpano triangolare e decorata con nicchie che contengono cinque statue: le tre in alto sono al centro la Fede e ai lati San Giovanni Evangelista e San Carlo Borromeo; nella parte inferiore sono collocate la Carità e la Speranza. Sopra il portale è posto un bassorilievo tardo cinquecentesco della Crocefissione con il Battista, San Marcello e quattro figure genuflesse. Ma è l’interno, ad aula con cappelle laterali e volta a botte ribassata, che sorprende per la presenza, entro nicchie, di quattro gruppi lignei policromi attribuiti allo scultore luganese Carlo Giuseppe Plura (1655-1737) la cui attività come scultore di opere di soggetto sacro è assai diffusa in Piemonte.
La bellezza di queste sculture barocche risalta ancora di più in uno spazio dalle dimensioni così raccolte. Da sinistra a destra i gruppi lignei rappresentano il Sacrificio di Abramo, gli Ebrei nel deserto, l’Uccisione di Abele, il Sacrificio di Noè dopo il diluvio. Al centro dell’abside un quinto gruppo ligneo policromo raffigura la Madonna sorretta da San Giovanni Evangelista e dalla Maddalena. Di particolare bellezza la figura della Maddalena che nello sguardo sintetizza tutta la drammaticità della sua vicenda umana e religiosa. Inoltre sulla parete destra un dipinto di San Carlo Borromeo realizzato nel Settecento.